「この場でお詫びしたいと思います。申し訳ない！」
山本監督は1年以上前から「ハルヒ」がこのような展開になることを知っていたという。
「自己弁護するわけではありませんが、京アニにいたとき、このアイデアはありました。僕は反対をしました。2話が限度だろうと」
すると会場から大きな拍手が起こった。ただし、山本監督はこのアニメが制作される前に退社。自分が退社しなければこんな展開にはならなかった可能性があり、責任を感じている、とし、
「制作委員会、SOS団（ハルヒのプロジェクト名）を代表して、この場でお詫びしたいと思います。申し訳ない！」
と頭を下げ謝罪した。
この動画は09年7月21日までに4万回以上閲覧され、100近いコメントが付いている。
「ハルヒの監督はヤマカン以外には考えられない」
「まあ、普通に考えれば2話が限度だよなぁ」
「彼が京アニを止められなかった事は残念に思いますが、彼が今できることは何もない」
などという内容だ。
京アニは今回の山本監督の謝罪について、
「当社とは一切関係のない人の話です」
と話している。