東京大植物学教室の田邊教授（要潤）は、万太郎（神木隆之介）が書いたムジナモの論文に自分の名前が記載されていないことに激怒。万太郎の教室への出入りを禁じた。論文を書き直すという申し出も拒否して、万太郎を泥棒扱いしたうえ、土佐植物目録と500点の標本を大学に寄贈するように命じた。
4月。田邊の恩人・森有礼（橋本さとし）が文部大臣に就任したことで、東京大学理学部は帝国大学理科大学となり、田邊は初代教頭に任命された。万太郎は論文を書き直し、雑誌も刷り直したが、いまや絶対権力者となった田邊の決定が覆ることはなかった。
-
健気な寿恵子が心配
園子が急死し「峰屋」は破産
絶望の淵にあった万太郎だったが、寿恵子（浜辺美波）の励ましに勇気を得て、再び田邊の家を訪問する。しかし、田邊は玄関先で、自分も図鑑を作ることにしたと告げると、同じような本を出そうとしている万太郎を大学に入れるわけにはいかないと言い放ち、万太郎は追い返されてしまう。
万太郎が次に向かったのは博物館の野田（田辺誠一）と里中（いとうせいこう）のもと。経緯を説明して、「博物館で研究させてくれないか」と頭を下げた。しかし、2人は万太郎に同情するものの、頼みは断るしかなかった。大学と博物館が協力関係にあるからだ。ただ、才能を認める人はほかにもいるはずだと万太郎を励ました。
はたしてその通りだった。その日、万太郎が帰宅すると、寿恵子が1通の手紙を手渡した。なんとロシアのマキシモヴィッチ博士からのもので、万太郎が書いたムジナモの論文を高く評価する言葉がつづられていた。万太郎は妻子を連れてロシアに行くことを決断。2人目を妊娠中で身重の寿恵子も快諾した。万太郎はロシアに渡る金を峰屋に出してもらおうと考えていた。
しかし、そのころ峰屋は廃業の危機にあった。新しい酒づくりで腐造を出してしまったのだ。綾（佐久間由衣）は峰屋をたたむ決心をし、竹雄（志尊淳）は多額の税金を納めるため借金をして回った。綾と竹雄はその返済のため峰屋の土地と屋敷を売る。そして、残ったわずかな金で再起することを誓い合うのだった。
一方、東京の槙野家でも悲劇が起こる。2歳にならない長女・園子が麻疹にかかり、発熱から3日後に亡くなってしまったのだ。