「白梅堂」は西村まつ(牧瀬里穂)が営む店で、無口な職人の阿部文太(池内万作)が菓子を作っていた。まつは元売れっ子芸者で、彦根藩の武士に見初められて寿恵子(浜辺美波)を生んだ。その武士が亡くなった際、本妻から受け取った手切れ金で店を出したのだ。
ある日、まつの妹・みえ(宮澤エマ)が寿恵子に「近く開館する社交場『鹿鳴館』で講師になるためにダンスを習わないか」と声をかける。「鹿鳴館」に出入りできれば寿恵子が玉の輿に乗れると考えたからだ。
まつは反対するが、未知の世界に憧れる寿恵子は興味を持つ。
一方、長屋暮らしに慣れてきた万太郎(神木隆之介)は紹介状を手に東京大学の植物学教室に向かった。
助教授の徳永政市(田中哲司)や講師の大窪昭三郎(今野浩喜)は万太郎が小学校も出ていないことを知り相手にしようとしなかったが、教授の田邊彰久(要潤)は「土佐植物目録」に興味を示し、万太郎を歓迎する。
竹雄(志尊淳)も無事に仕事を得ることができ、2人の東京での新生活はようやく軌道に乗り始めた。
翌日、大学に行く前に「白梅堂」に寄った万太郎は寿恵子に好きな花を尋ねる。「牡丹」と寿恵子は答えた。
大学で手際よく標本作りをこなし、植物に関する知識を披露して学生たちを感心させた万太郎。さらに、教授室に置かれた牡丹の植物画を描き始めると、その巧みさに田邊も衝撃を受けるのだった。一方の徳永と大窪は、田邊が今まで自分たちには見せなかった表情で万太郎と話すのを見て嫉妬心を抱く。
その日の帰り、万太郎は牡丹の植物画を持って寿恵子のもとに足を運ぶのだった。