東京・新橋駅にたどり着いた万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）は、さっそく植物学者・野田基善（田辺誠一）のいる博物館を訪れた。
そこで書いてもらった東京大学への紹介状を手にし、次に向かったのは「名教館」時代の学友・広瀬佑一郎（中村蒼）のもと。下宿先を紹介してもらう手はずになっていたからだ。
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NHKの「らんまん」番組サイトより
標本や書物が多すぎて...
しかし、下宿の家主は峰屋から送られてきていた植物標本や書物など、荷物があまりにも多いのに驚いていて、植物標本の一部を捨てるように要求してきた。
万太郎はそれを拒否。下宿することを断られてしまう。
万太郎と竹雄は大八車に荷物を乗せ、下宿先を探し歩くが大荷物のせいでうまくいかない。
挙句の果て、トランクをふとした隙に盗まれてしまった。トランクは取り戻すことができたものの、肝心の標本は消えていた。
探し歩いた2人がたどり着いたのは、根津の路地裏のドクダミだらけの長屋「十徳長屋」。そこで2人が目にしたのは、標本の束を燃やそうとしている男の姿だった。
その男・倉木隼人（大東駿介）は、標本と引き換えに金を要求してくるが、そこに倉木の妻・えい（成海璃子）が止めに入ってきた。
そこに聞こえてきたのは子どもの泣き声。2人の息子が熱を出して苦しんでいたのだ。万太郎はその幼子を看病し、持っていた熱さましを分けてやった。
その晩、万太郎と竹雄は、「十徳長屋」に住む書生の部屋に泊めてもらうことになった。長屋の差配人・江口りん（安藤玉恵）との会話の中で、部屋が空いていることを知った万太郎は、研究用も含め、2部屋を借りたいと申し出る。
長屋の住民は東京大学の落第生・堀井丈之助（山脇辰哉）、小料理屋の女中・宇佐美ゆう（山谷花純）ら。倉木は元彰義隊で、今は賭け事と酒におぼれ、家族4人で暮らしているという。
住民たちは、万太郎の出身と上京の理由を聞いて呆れかえった。
そんなある日。万太郎は近くにある菓子屋「白梅堂」に足を運ぶ。その存在を知ってからずっと気になっていたのだ。
そして、寿恵子（浜辺美波）と再会するのだった。