万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）は、東京での長旅を終えて高知に戻ってきた。佐川村への道中、万太郎は国会開設などを求める演説をしている自由民権運動の活動家を目にする。
「峰屋」に帰ってきた万太郎は、タキ（松坂慶子）や綾（佐久間由衣）、そして働き手たちに博覧会の報告をする。
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NHKの「らんまん」番組サイトより
綾を探しに...
はたから見ると当主としての風格が出てきた万太郎だが、心の中では植物研究への情熱との狭間で葛藤を抱えていた。
「峰屋」の仕事をこなすようになった万太郎からは笑顔が消え、夜も眠れないようになっていた。万太郎の異変に気付いた竹雄は、東京滞在中に何度も万太郎に意見したことを後悔。タキに相談する。
それを受け、万太郎の部屋に入ったタキはそこで万太郎が東京で購入してきた大量の本や顕微鏡を見つけ、一大決心をする。本当は姉・弟ではなく、いとこ同士である綾と万太郎を結婚させ、2人で「峰屋」を支えさせるというものだ。
当然、万太郎も綾もこれを受け入れることはできない。幸吉（笠松将）に思いを寄せていた綾は家を飛び出し、幸吉が住む農村に向かう。
綾を探しに出た万太郎と竹雄は、高知の稲荷新地で綾を見つける。そこでは自由民権運動の活動団体「声明社」の集会が開かれていた。
ひょんなことから「声明社」リーダーの早川逸馬（宮野真守）に演台に上げられた万太郎。仕方なく、草花の生命力について演説を始める。
その演説は聴衆を引き付けた。万太郎の演説に励まされた逸馬や支援者の楠野喜江（島崎和歌子）は、万太郎を活動に誘う。
その後、逸馬と共に本部に向かった万太郎は、そこで憧れの人、ジョン・万次郎（通称ジョン・マン）こと中濱万次郎（宇崎竜童）に出会う。
同じころ、竹雄と一緒に高知の宿に残った綾は、自分が幸吉に対して抱いていた気持ちを打ち明ける。竹雄は綾の言葉を受け止め、励ますのだった。
幕府にスパイ容疑をかけられてから活躍の場所を失っていたジョン・万次郎は失意の底にいた。その万次郎からの「人の一生は短い。後悔はせんように」という言葉は、万太郎の心を打つ。
万次郎からシーボルトが編集した「日本植物誌」を贈られた万太郎は、ある決意を固めるのだった。