1年前、東京都住浜区立赤嶺中学校の音楽教師・小川香里（明日海りお）が、ブレーキワイヤーを切断された自転車で転倒事故を起こして死亡した。香里の恋人だった警視庁捜査一課刑事・嶋田隆平（藤原竜也）は、香里の死の真相を調べるため赤嶺中学校のスクールポリスに志願して就任した。
香里の死の直前に起きた男性教師による女子生徒へのセクハラ事件について、国語教師・浅村涼子（真木よう子）から「校長先生と小川先生と私の3人で話し合った上で、事件を秘密裏に処理した」と聞かされた嶋田は「香里が隠蔽に加担するなんて絶対にあり得ない」と、浅村に食ってかかる。
そんな嶋田のスマホに、浅村と香里の会話の録音データが送られてきた。その中で「私を脅迫するつもり？」と問いかける香里に、浅村は「これは警告です」と言い放っていた。嶋田は、浅村が香里を殺したのかと疑ったが、その後の調べで、その言葉は浅村が香里の身を案じて発した心からの忠告だったことが分かった。音声データを送り付けてきた人物は、浅村を香里殺害の犯人に仕立てようとしたのか。
さらに、セクハラと見られていた事件は実は強制性交未遂という、もっと卑劣な暴行事件だったことが分かった。一度は隠蔽に同意したものの、裏に何かあると感じた香里は、改めて真実を探っており、犯人はそんな香里の動きを封じようとしいてブレーキワイヤーを切断した可能性も浮上してきた。
問題の音声データは、職員室の机の下に仕掛けられた盗聴器を通じて録音されたものと判明したが、いったい誰が、何の目的で盗聴し、録音したのか？ 香里の自転車のブレーキワイヤーを切断したのもその人物なのか？
捜査を進めれば進めるほど、闇が深くなる迷宮のようだ。
野球部のエースが目にレーザー光線を照射される
そんな中、野球部のエース・矢島裕（長島令玖）が試合中、投球動作に入ったときに目にレーザー光線を照射され、頭部に打球を受けて脳震盪を起こした。矢島はチームメイトからの信頼も厚く、恨みを買うようなタイプではない。
嶋田は、学校に報告せず部員たちに休みなく厳しい練習を強制する『闇部活』を常態化させ、暴力をふるって部員の鼓膜を破裂させたこともある顧問の体育教師・阿部裕亮（音尾琢真）に恨みを持つ者の仕業ではないかと考えた。だが、阿部は、闇部活も暴力も「生徒のためにやったんだ」と突っぱね、反省する様子はない。
嶋田はふと、野球部について生前の香里から聞いた話を思い出した。練習で熱中症になった部員が帰宅途中、誤って路上に出て事故に遭ったというのだ。嶋田は、その事故以来学校に来られなくなった元部員・坂木司（山時聡真）の家を訪ねる。
一方、香里の事件の捜査にも進展があった。スマホに送られてきた香里と浅村の会話の音声データの送信元をたどると、野球部の一件との意外なつながりが見えてきたのだ。
香里の死の真相に近づいた嶋田に、校長・木島敏文（高橋克実）は「スクールポリスはスクールポリスの仕事をしてください」と釘を刺す。だが、嶋田はそんな妨害をものともせず、ついに学校が隠し続けてきた秘密を暴き、香里を死に追い込んだ黒幕の存在にたどり着く。「警察や法律の力には限界がある。正義は自分の手で下すしかない」と言っていた嶋田は果たして......。（よる9時放送）
寒山