1月前に閉店した飲食店の元店長・久保田英二（増田修一朗）が備品整理のため店を訪れ、男の刺殺体を発見した。殺されたのは暴力団幹部・金子仁（本宮泰風）だった。臨場した京都府警捜査一課特別捜査対策室の刑事・糸村聡（上川隆也）は、現場で2つに割れたクルミ大の石を発見した。科学捜査研究所に持ち込むと、研究員・村木繁（甲本雅裕）は「何の特徴もない石だ」という。何の変哲もなく、しかも2つに割れた石を暴力団幹部がなぜ持ち歩いていたのか、糸村は疑問を抱く。
その後の捜査で、石の『身元』が判明する。金子は5年前、敵対する組織に拳銃で襲撃された組長をかばって左胸を撃たれた。だが、銃弾は左胸のポケットに入っていた小石に命中して一命を取り留め、『不死身の金子』と呼ばれるようになった。殺害現場に落ちていた石は、金子がそれ以来、お守り代わりに持ち歩いていた石だったのだ。
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テレビ朝日「遺留捜査」公式サイトより
糸村は「闇バイト」に手を染めたフリーターと出会うが...
そこで誰もが、石は今回の殺人事件とは無関係と考えたが、糸村はそれでも石の『意味』を探るため骨董品屋や古美術商などを訪ね歩いては「この石は値を付けられるようなものでしょうか？」などと質問していた。
その途中で、糸村は満足に食べることもできないフリーターの青年と出会った。青年は掛川春人（濱田龍臣）といい、糸村が昼飯をおごると、掛川は天涯孤独な自分の身の上を明かした。中学のときに母親が他界し、15歳で養護施設を逃げ出してからは、ネットカフェで寝泊まりしながらアルバイトで食いつないできたという。
いわゆるネットカフェ難民の掛川は、手っ取り早く金が稼げる危険な『闇バイト』に手を染めており、殺された金子とも関わり合いがあった。掛川はそんな境遇から何とか抜け出したいと思う一方、「逃げたら殺される」とおびえていた。
そんな折り、対策室に衝撃の情報がもたらされる。金子仁というのは偽名で、死んだ男は暴力団の資金源を探るために6年前から潜入していた京都府警特別潜入捜査官・宮田修だというのだ。
そして、宮田は最近、特殊詐欺グループの重要人物の特定に成功し、そのために殺された可能性があることも分かった。さらに、捜査線上にある1人の女性・末永節子（根岸季衣）が浮かぶ。糸村の超マイペースでユニークな捜査の結果、『割れた石』が暴き出す事件の真相とは......。（よる8時放送）
寒山