警視庁特命係の警部・杉下右京（水谷豊）と相棒の巡査・冠城亘（反町隆史）は、通りがかった交番の前で、顔に殴られたようなアザのある小学生・将（山城琉飛）の少年を見かけ、声を掛けた。すると、将から「友だちを助けてください！」と頼まれて２人は驚く。聞けば、友だちが誘拐されたのだと言う。
少年の言葉通り、急成長している激安スーパー「コミネ」創業者で社長・小峰裕司（鎌倉太郎）の小学生の息子・翔太（加藤憲史郎）が帰宅途中、２人組の男たちに車で誘拐される事件が発生。犯人は小峰の自宅に「あんたの息子を誘拐した」という電話をかけ、身代金１億円を要求してきた。
親は現金1億円を用意し誘拐を否定する
ところが、小峰は警察に介入されたくない理由でもあるのか、警察に通報しないまま密かに現金1億円を用意した。冠城が小峰の家を訪ねて「息子さんが誘拐されのでは？」と尋ねても、小峰は誘拐を否定して「お引き取りください」と追い返してしまった。
それでも、誘拐を確信した杉下と冠城は、捜査一課の巡査部長・伊丹賢一（川原和久）や組織犯罪対策部の警視・角田六郎（山西惇）らの協力をあおぎ、手分けして捜査を始めた。
やがて、誘拐に荷担していると思われる男・安村剛（今野浩喜）が浮上し、杉下が接触する。安村は和菓子職人の修行をしていたが、ある出来事をきっかけにドロップアウトした。その日暮らしの荒んだ生活をしてた安村は、知人の大槻（西興一朗）の「完璧な計画だ」という言葉にそそのかされ、誘拐の片棒を担いでしまったのだった。「イチからやり直せればいいのですが......」と自嘲気味に語る安村に、右京は「まだ間に合うんじゃないですか？」と暗に自首を促す。
一方、そうしている間も、冠城は沈黙を守っている小峰家の事情を探り、伊丹らは「本当に誘拐事件なんか起きてるのか？」と半信半疑ながら、大槻をマークして張り込んでいた。そして、角田は将の保護者に会い、怪我の理由を問い質す。さらに、サイバーセキュリティ対策本部の特別捜査官・青木年男（浅利陽介）までも張り込みに駆り出された。
『チーム特命係』の面々がそれぞれ独自の動きを見せながらも一丸となって捜査を進めると、誘拐の裏に『意外すぎるカラクリ』が隠されていることが判明する。そして、事件は思いも寄らない方向に突き進んでいく――。（よる９時放送）
寒山