元政治家秘書で、副業として司法書士を営むラーメン店「萬」店主・萬敬太郎（江口洋介）のもとに集う5人の現役秘書と1人の元秘書が『影の軍団』となり、世の中の悪を成敗する。脚本を手掛けるのは、『ドクターX ～外科医・大門未知子～』『ハケンの品格』など、だらしない男たちをギャフンと言わせる女たちのドラマを次々と生み出してきた脚本家・中園ミホだ。
弱きを助け、強き悪をくじく『秘書軍団』の今回のターゲットは、大学病院を私利私欲を満たす道具としか考えない『カス親子』。
慶西大学病院の内科医・三好麻里（松本若菜）は患者から現金入りの菓子折りを受け取ったという疑いをかけられ、謹慎処分になった。病院長・西尾忠彦（大和田伸也）の秘書 パク・サラン（シム・ウンギョン）は、意気消沈する三好をラーメン店「萬」に連れて行った。
サランはそこで、三好は患者の信頼も厚い優秀な医者で、次期内科部長選びをめぐる病院内の出世争いでハメられたのだと断言する。なぜなら、現金が入っていた菓子折りは、西尾病院長の指示で、サラン自身が発注したものだったからだ。
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弱きを助け強きをくじく「秘書軍団」（テレビ朝日、番組公式サイトより）
病院長の悪事の証拠をつかもうと、秘書サランが危険な行動に出るが...
西尾は息子で内科医・直哉（忍成修吾）を内科部長にするため、有力なライバルである三好を失脚させようと画策しているのだ。その直哉は「俺は医者だよ。人の命を救ってんだよ」と思い上がり、サランら病院のスタッフに対して傍若無人に振る舞うカス野郎だった。
東都銀行常務・岩田常昭の秘書・望月千代（木村文乃）ら『秘書軍団』は早速、西尾親子を追い込むネタを仕入れるための作戦を開始する。
東京都知事・南勝子（萬田久子）の秘書・風間三和（大島優子）が女グセの悪い直也のためにセッティングした合コンに、望月、風間と東都銀行頭取・霧島和夫（小林隆）の秘書・照井七菜（広瀬アリス）、警視庁警務部長・北島剛次（木下ほうか）の秘書・長谷不二子（菜々緒）の4人が参加する。
望月が「私たちは秘書です。秘密は墓場まで持って行きます」と言うと、調子に乗った直哉のワル仲間は照井を寝室に連れ込み、ベッドに押し倒す。男が照井に襲いかかろうとしたした瞬間、空手有段者の長谷の回し蹴りが炸裂する。
一方、息子の出世に加え、自身も医師会会長の座を狙う西尾は、財務大臣・粟田口十三（岸部一徳）と料亭で密会していた。粟田口が「リーダーを決めるのは、結局、私らということですわな」と西尾にお墨付きを与える会話を盗聴していたサランは、親子で医療界に君臨しようと企てる西尾への怒りに打ち震える。「あんなの医者じゃない。絶対に懲らしめてやります」と決意し、西尾の悪事の証拠を何としても手に入れようと病院長室に忍び込んだが......。
サランは仲間の機転により危機一髪のところで難を逃れ、ついに『秘書軍団』は病院に乗り込んでカス親子に『怒りの鉄槌』を下す。（よる9時放送）
寒山