事件性の有無にかかわらず死因不明の遺体の死因を究明する法医学者・万木朝顔を主人公に、昨年夏に第1シーズンが放送された『監察医 朝顔』の第2シーズンがスタートする。
神奈川県にある興雲大学法医学教室に勤める法医学者・万木朝顔（上野樹里）は、父親で神奈川県警野毛山署強行犯係刑事・万木平（時任三郎）、夫で神奈川県警捜査一課刑事・桑原真也（風間俊介）、そして5歳になる娘・つぐみ（加藤柚凪）と一つ屋根の下で暮らしている。笑顔が絶えない幸せな日々だが、ある朝、みんなで朝食をとっていると、ふいにつぐみが「弟が欲しい」と言い出して気まずい空気になってしまう。
つぐみを保育園に送り届け、いつものように自転車で職場に向かっていた朝顔は、途中にある新みなと駅の立体歩道橋で発生した群衆雪崩の事故現場に遭遇する。大きなイベントが予定されていた近くのスタジアムで火災報知器が作動したため、慌てて逃げようとしてパニックになった人々が立体歩道橋に殺到し、将棋倒しになったのだった。
-
フジテレビ「監察医 朝顔」番組公式サイトより
突き止めた4人の死因から、衝撃の真相が浮かび上がる
朝顔が法医学教室に着くと、同僚の法医学者・安岡光子（志田未来）、藤堂絵美（平岩紙）、藤堂雅史（板尾創路）らがテレビニュースで群衆雪崩の現場映像を見ていた。それによると、事故に巻き込まれた群衆のうち20名が病院に搬送され、うち４名が死亡、1人が意識不明の重体という大惨事だ。
同じころ、野毛山署強行犯係係長・山倉伸彦（戸次重幸）や刑事・森本琢磨（森本慎太郎）らとともに臨場した平は、県警本部からきた桑原や検視官・丸屋大作（杉本哲太）らと連携して、事故の原因を調べ始めていた。
だが、スタジアムでは火災は発生していなかった上、現場で異臭がしたという証言もあり、ネットでは「テロじゃないか？」と大騒ぎになる。実際に、被害者の中にはけいれんや意識障害など化学薬品を吸引したと思われる症状を訴える者もあった。
これは単なる事故なのか、それとも何者かによって引き起こされた犯罪なのか――捜査本部でも絞り切れない中、事故が起きる直前、金髪の男性が現場で騒いでいたという複数の目撃情報がもたらされ、この男が事故に関与しているのではないかとの見方が浮上する。
その翌日、群衆雪崩で妻を失ったという金髪の男・佐藤祐樹（松田元太）が、事故現場でマスコミの取材に、これは事故ではなく、ある人物による殺人事件だと訴える。
事件の早期解決を求める世論の高まりに、捜査本部は焦りを募らせる。見かねた検視官の丸屋は、朝顔らの法医学教室に「これが事件なのか事故なのか、一刻も早く解剖で真相を突き止めていただきたい」と要請する。
そして、朝顔らはその要請に応え、被害者4人の死因を突き止めることに成功する。その結果、衝撃の真相が明らかに......。（よる9時放送）