警視庁交通機動隊の白バイ警官・出雲麗音（篠原ゆき子）が警邏中、何者かに銃撃されて重傷を負った。警視庁の総力を挙げて犯人を捜すが、季節が変わって夏になっても手掛かりさえつかめず、警視庁特命係警部・杉下右京（水谷豊）と相棒の巡査・冠城亘（反町隆史）が捜査を引き継いだ。だが、2人が回復した出雲に事情を尋ねても、出雲は何かを警戒して詳細を話そうとせず、捜査は暗礁に乗り上げる。
さらに季節がめぐって秋を迎え、出雲が捜査一課に異動してきた。異動の背景には、庁内での女性の地位向上を目指す警視正の広報課長・社美彌子（仲間由紀恵）から警視副総監・衣笠藤治（杉本哲太）への働き掛けがあった。社は衣笠に「特命係に銃撃事件を解決させる」と約束し、出雲の異動を承諾させたのだ。杉下はそうした裏取引に不満を持つが、冠城とともに改めて捜査に乗り出した。
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相棒season19／第1話「プレゼンス」（テレビ朝日の番組ホームページより）
スパイダーマンの衣装を着た若い男が高層ビルから転落死する
そんな中、スパイダーマンの衣装を着た若い男が白昼堂々、ガラス張りの高層ビルをよじ登って転落死する事件が発生した。男は万津幸矢（櫻井啓佑）で、調べると、暴力団員相手に白バイ警官銃撃をほのめかしていたことが判明した。さらに、万津の恋人・朱音静（日南響子）によると、万津はIT長者・加西周明（石丸幹二）に傾倒し、加西がVR（仮想現実）の世界に構築した仮想国家ネオジパングの『住民』になっていたという。
朱音はかつて、ネオジパングに『入国』しようとしたが、ログイン時に異常な操作をしたとして『国外追放処分』を受けたことがあった。杉下らは出雲銃撃と万津転落の2つの事件とネオジパングの関連を疑うが、サイバーセキュリティー対策本部の特別捜査官・青木年男（浅利陽介）が警視庁の高性能コンピュータを使って徹底的に調べたが、「両事件とネオジパングを結びつける痕跡は見当たらない」との結論だった。
では、出雲はなぜ、ネオジパングの万津に銃撃されたのか？ 杉下と冠城は、ケタ違いの大金持ちでネオジパングの『建国の父』を自称する加西から事情を聞こうとするが、ノラリクラリとはぐらかされ、ラチがあかない。そこで、2人はVRの世界に飛び込んで捜査を進めることに。「必ずやクビを取ります」と宣言した杉下だったが、そこでは現実と仮想が交錯し、杉下でさえ翻弄される『混沌の世界』だった。
そして、ついに加西の本当の狙いを察知した杉下は、ある罠を仕掛けたのだった......。（よる9時放送）
寒山