閉店間際の銀行に拳銃を持った3人組の男が押し入り、行員らを人質に立てこもる事件が発生した。人質の中には警視庁捜査一課「特命捜査対策室」第6係（文書解読係）の警部補・草加慎司（遠藤憲一）の娘で、3年前に妻・陽子とともに家を出ていった草加美里（佐久間由衣）がおり、犯人は「草加という刑事に電話させろ」と警察に要求してきた。
行内の防犯カメラ映像で、漢数字の「三」が書かれた紙を持たされる美里と、犯人の一人の顔を確認した草加は息をのむ。その男はある未解決事件の捜査で出会った河本直也（矢野聖人）だったからだ。
その未解決事件とは12年前の3月28日、品川区内の公園で専門学校生・麦野奈津（水谷果穂）が帰宅途中に刺殺された事件だ。地面に奈津が指先で書いたダイイングメッセージと思われる「三」の文字が書き残されており、奈津のアルバイト先の同僚で、奈津にしつこくつきまとっていた大学生・三田良平（佐藤祐基）に真っ先に容疑がかけられた。しかし、三田には完璧なアリバイがあった。
-
「未解決の女 警視庁文書捜査官」（テレビ朝日の番組ホームページより）
「12年前の犯人を捕まえろ！」立てこもり犯の要求に草加は...
奈津の父親が経営する児童養護施設「若麦学園」で育った河本から「必ず犯人を捕まえてほしい」と懇願された草加だったが、懸命の捜査もむなしく三田のアリバイは崩せず、ほかに犯人も特定できないまま捜査は打ち切られたのだった。
草加が銀行にすぐさま電話すると、河本は約18時間後の翌朝10時までに奈津を殺した犯人を捕まえるよう要求し、逮捕できなければ人質の命はないと通告する。あまりに性急な要求だが、河本は「こっちは12年もまってるんだ！」と声を荒げ、受け付けない。そればかりか、美里に拳銃を突き付けて「お前の親父にも同じ思いを味わわせてやる」と脅す。だが、皮肉なことに、家族が人質となったため、草加は捜査から外されてしまった。
まもなく河本以外の立てこもり犯が、同じ児童養護施設で育った高村青斗（落合モトキ）と竜崎健一（山根和馬）で、3人とも奈津と仲が良かったことが判明する。高村は河本より2歳年上で、河本と同じ工場で働いていたが、最近リストラされていた。
「三」はある文字の一部では...鳴海に「文字の神様」降臨！
そのころ文書解読係の巡査部長・矢代朋（波瑠）は、12年前の事件当日、河本の施設卒業を祝う会のために奈津が用意した寄せ書きを入手した。文書捜査のエキスパートの警部補・鳴海理沙（鈴木京香）は、そこに書かれた「麦」の文字と、ある文書に残されていた三田の筆跡に強い違和感を覚える。
その矢先、人質の一人が持病を発症し、河本はその急病人と交換する人質として鳴海を指名してきた。鳴海は矢代と草加に2つの違和感のことを告げ、銀行へ入っていく。
12年前の現場に残された「三」の本当の意味は？ 3人が銀行に押し入ったのは12年前の事件の解決だけが目的なのか？ 奈津を殺した真犯人は一体誰なのか？
身代わりで人質となった鳴海についに『文字の神様』が降臨し、12年前の現場にあった「三」はある漢字の一部だと分かった。そして、実の娘の救出と真犯人逮捕のため、草加が取った行動とは......！（よる9時放送）
寒山