警視庁捜査一課特別捜査班の主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）は、捜査員たちと対立しがちな謎多き班長・国木田誠二（中村梅雀）との親睦を図るため、歓迎会を開くことを特捜員の面々に提案した。だが、国木田に「皆さんと馴れ合うつもりはない」と断られてしまう。
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特捜9 season3・最終話（テレビ朝日の番組ホームページより）
殺害現場の遺留品は国木田が犯人と示していた
その直後、国木田は何者かに電話で呼び出され、人気のない川沿いの道で男性と会う。男は国木田に「あなたを信用していない」「あなたの間違いを正す」と詰め寄り、黒い表紙の手帳を見せた。国木田が手を伸ばして手帳を取ろうとするが、男は手帳を渡すことを拒否した。
翌日、その男の遺体が路地裏で発見され、浅輪は遺体の近くで犯人の遺留品らしい特徴のあるペンを見つけた。やがて、衝撃の事実が次々と判明する。殺されたのは捜査一課6係の元刑事・西島政信（風間晋之介）で、6係の係長だった国木田の部下だった。国木田は被害者の身元に気づいていながら、特捜班にそれを明かさなかった。さらに、浅輪が現場で拾ったペンは国木田の物だった。
国木田が元部下を殺した犯人なのか？ 浅輪らが国木田の過去を調べると、3年前に国木田たち6係が担当した事件の犯人が冤罪だった疑惑が浮上してきた。当時、有能な係長と評判だった国木田は、部下に「チーム一丸となって、この犯人は必ず逮捕する。迷ったときは被害者の気持ちを考えろ！」と檄を飛ばし、犯人逮捕にこぎつけていた。
実は、国木田はこの事件の責任を取らされて広報課に異動させられたのだ。国木田が心の奥底に封印してきた『過去』が、3年の時を経て甦り、新たな犯罪を起こした。それを知った国木田は、「3年前の事件で一体何があったのか、班長の口から話してもらえませんか」と迫る浅輪らを振り切り、単身で真犯人と対峙するが......。（よる9時放送）
寒山