拡大スペシャルだけあって、警視庁刑事部特別捜査班と裁判所の対決、班長・宗方朔太郎（の引退、そして今シーズン第１話から主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）の宿題となっていた冤罪事件の真相解明と、エピソードが盛りだくさんだ。
マンションで弁護士・小林則夫（坂本直季）の遺体が発見され、特捜班が臨場する。遺体には死因となるような傷は見当たらず、切れた指先から流れ出た血で床に「ＪＰ」のダイイングメッセージが。監察医の早瀬川真澄（原沙知絵）が司法解剖したが、やはり死因は突き止められない。
一方、鑑識課で小林のスマホを分析したところ、１人の男を隠し撮りした写真が大量に残っていた。これを見た宗方は、背景に写っているのは東京地方裁判所だと指摘。調べを進めると、写真の男は裁判官・櫻井潤（嶋田久作）だと判明した。
死んだ弁護士のスマホに、なぜ裁判官の隠し撮り写真が何枚も残されていたのか？ 特捜班が２人の関係を調べ始めた矢先、またも弁護士・松井浩史（古河耕史）が死亡しているのが見つかった。床には血で「Ｊ」の文字が書かれており、先に死亡した小林とよく似た状況だ。松井の遺体を解剖した早瀬川は、足裏に軽度の熱傷があることに気づき、２人が感電死した可能性を指摘する。
相次いで殺された弁護士は謎の血文字を残した
２人の弁護士と櫻井の関係を調べていくと、小林と松井はいわゆる「ヤメ検」で、３人は検事と裁判官として12年前の「青酸ガス無差別殺人事件」に関わっていたことが浮上してきた。浅輪らはこの事件で死刑判決を受けた村野圭右（ノモガクジ）の息子・真法（笠原秀幸）を事情聴取する。
一方、櫻井は「連れて行きたいなら、捜査令状を取ってから来なさい」と捜査への協力を拒否。そればかりか、裁判所を通じて刑事部長・三原達朗（飯田基祐）に対し、「しつこく付きまとうな」とクレームまで入れてきた。三原に呼び出された浅輪は「相手が誰であれ、捜査は捜査じゃないですか！」と突っぱねてしまう。警部補に昇任した浅輪は早くも降格の危機に直面する。
そのころ宗方は、今シーズン第１話で無実を訴えながら服役した足代新市（石倉三郎）の事件を、浅輪が再捜査していると知った。その捜査資料を見た宗方は「１人でこんなに調べていたのか」と、刑事としての浅輪の成長を確信する。だが、仮に浅輪が足代の冤罪を証明すれば、警察や裁判所にとって致命的な大問題に発展する。ただでさえ上層部から目を付けられている浅輪は、無傷では済まされない。
そこで、宗方は人生をかけた決断をし、「この続きは私にやらせてくれないか？」と、浅輪から再捜査を引き継いだ。浅輪に代わって、警察内部の病巣と刺し違える覚悟なのだ。
12年前の無差別殺人事件の死刑判決の裏に一体何があったのか？ 宗方は足代の冤罪を晴らすことができるのか？ 特捜班の面々が感動の大団円に向かって突き進む！（6月26日よる9時放送）
寒山