加計学園の獣医学部新設計画について、愛媛県と今治市の職員が20015年4月に柳瀬唯夫首相秘書官(当時)と面会したときの備忘録には、首相官邸の関与がかなり具体的の記録されていた。
≪藤原地方創生推進室次長の主な発言≫という部分には、太文字で｢要請の内容は総理官邸より聞いており、･･･国家戦略特区の手法を使って突破口を開きたい｣｢かなりチャンスがあると思っていただいてよい｣とあった。
≪柳瀬首相秘書官の主な発言≫には、｢本件は、首相案件となっており、内閣府藤原次長の公式のヒヤリングを受けるという形で進めて頂きたい｣｢先日、安倍総理と加計学園理事長が会食した際に、下村文科大臣が加計学園は課題への回答もなくけしからんといっているとの発言があったとのことであり、この対策について意見を求めたところ、今後、策定する国家戦略特区への提案書と合わせて課題への取組状況を整理して、文科省に説明するのがよいとの助言があった｣と記述されている。
県知事は「職員が文書をいじる必然性はまったくない」
この文書について、柳瀬氏は「面会した記憶がない」と否定しているが、愛媛県の中村知事は｢首相官邸を訪問した4人の県職員のうちの一人が文書を作成したもので、記述について職員が文書をいじる必然性はまったくない。全面的に信頼している｣と語っている。
安倍首相もこれまで｢私が関与したといった人は一人もいない｣｢加計学園の申請を知ったのは17年1月20日だ｣と国会答弁してきたが、愛媛県の文書に書かれた内容が事実とするなら、1年9か月も前に首相秘書官が｢本件は首相案件｣という言葉を使い、その前の首相と加計学園理事長との会食でも獣医学部新設の問題が話し合われたことがうかがえる。
玉川徹（テレビ朝日解説委員）｢早くから首相が関わっていたと読めますよね｣