森友学園問題で、国会に提出されていた文書が、一部書き換えられていた疑いが出て、2日（2018年3月）の国会が紛糾した。麻生大臣以下の財務省は「検察が調べているから」の一点張りで、答えを拒否。ようやく最後に「火曜日（6日）までに報告する」と約束した。この間、「火元」の安倍首相は最小限の発言ですり抜けた。
「え、どこの新聞？」ととぼける麻生大臣
金曜日（2日）の朝日新聞が一面トップで報じた。森友学園への国有地売却契約に関する財務省の決済文書が昨年2月、国会に開示されていたが、本来あった内容の一部が削除されていたという内容だ。森友学園問題の発覚を受け、書き換えた疑いがあるとしている。
朝日新聞によると、契約当時の内容には、「特例的な内容」「本件の特殊性」などの表現があったが、国会議員らに開示されたものでは削除されており、項目によっては、そっくりなくなっていた。土地売買の記録が記された決済印もあるれっきとした公文書で、これを改ざんすれば犯罪にもなりかねない。
また、「特殊な内容」などの記載は、森友学園と安倍昭恵夫人との関係を指すものと見られ、事件発覚を受けて書き換えた疑いがあるという。さらに、「貸付に至る経緯」を記した部分は、項目ごとなくなっている。
しかし、この朝の会見で麻生財務相は、「え、どこの新聞？」「東京新聞には取材力がないか」などといつものおとぼけでまともに答えず。その後の参院予算委でも、共産党の小池晃・書記局長らの追求に、「大阪地検で、背任、証拠隠滅、公用文書毀棄の告発を受けて捜査している最中。捜査に影響があるか予見しがたいので（答弁を）差し控えさせていただく」と突っぱねた。
小池氏は「捜査に影響するということは、元の文書があるということじゃないか」と迫る。麻生氏は「捜査に影響がないとなったら、調べる」。これは太田充・理財局長も同じ。２人とも同じ言葉を延々と繰り返した。このため審議は12回にわたって中断。その後、衆院財務金融委でも同様のやり取りが繰り返され、文書の存在にすら触れなかった。しかし最後になって太田局長は、「火曜日までに調査をし、報告する」と約束した。