4月にシステム障害
厚労省の新型コロナウイルス感染症対策推進本部によると、4月21日から22日にかけて、「何らかの負荷」によりシステム障害が発生。OELのサーバーに一時的に繋がりにくくなる現象があった。
この時に利用者が通知を受け取れなかったり、正常に位置情報を送れないといった不具合が起きた。J-CASTトレンドの取材に応じた同本部担当者は、これはすでに改修済みで、それ以降大規模なシステムエラーは起きていないと話した。
別のOELに対する不満として、通知時に音が鳴らない、バイブレーションが動作しないという報告がある。担当者は、「マナーモード」といったスマホの設定により、こうした通知音やバイブレーションが動作していない可能性を指摘し、不具合とは限らないとした。
入国者は、居所の確認を受けるため、OELのほかにもビデオ通話アプリ「My SOS」をインストールする必要がある。「入国者健康確認センター」公式サイトによると、こちらでも5月24日夜にサーバーにつながりにくくなる事象が起きた（すでに改修済み）。
2020年にリリースされた厚労省の接触通知アプリ「COCOA」でも正常に通知がされない不具合が頻発。また新型コロナワクチンの「大規模接種センター」の予約システムでは架空の接種券番号で予約ができるという仕様に批判が寄せられるなど、政府主導のシステムでトラブルが続く。