セガゲームスは2016年12月8日に、ニンテンドー3DS向けパズルゲーム「ぷよぷよクロニクル」を発売する。「ぷよぷよ」シリーズ25周年記念作品。「ひとりでぷよぷよ」「みんなでぷよぷよ」「インターネット対戦」などのモードに加え、「RPG（ロール・プレイング・ゲーム）モード」を追加した。
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「ぷよ通」「フィーバー」などおなじみのルールも収録 -
アルルとカーバンクルはとつぜん降ってきた本に吸い込まれ異世界へ -
新キャラ「アリィ」 -
冒険フィールド -
サブクエスト受注 -
スキルバトル -
対戦ルール：「ぷよぷよ通」 -
みんなでボス戦 -
「ぷよぷよクロニクル アニバーサリーボックス」
3DS向け「ぷよぷよクロニクル」
3D化されたキャラクターがフィールドを駆け巡り、出会う人々との会話や敵との対戦、「クエスト」をクリアしてストーリーを進めていく。チーム編成とキャラクター育成を楽しめる「スキルバトル」を実装し、バトルでキャラクターが持つ「スキル（技）」を発動させれば大ダメージを狙える。
そのほか「ぷよぷよ通」「ぷよぷよフィーバー」などのルールを17種収録、経験者から初心者まで誰もが楽しめる内容になっているという。
価格は5490円（税別）。
なお、ソフト本体に「サウンドトラック」「ヴォーカルトラック」「ドラマCD」などを同梱した25周年記念ボックスセット「ぷよぷよクロニクル アニバーサリーボックス」も数量限定で同時発売する。
価格は9490円（同）。