政治判断の名のもとに新設され、金額が跳ね上がる例も
財務省の資料によると、直近の公募では、採択された約5200件のうち、79件がシミュレーションゴルフなどゴルフ関連で、59件がエステ関連。さらに、この基金の補助金の審査や政策効果の分析などが人材派遣会社パソナに委託されていることも、問題視されている。
基金が政治判断の名のもとに新設され、金額が跳ね上がる例も報じられている。
20年12月に補正予算で新設された「グリーンイノベーション基金」は「脱炭素」を政権の看板に掲げた菅義偉首相（当時）の指示を受けたものだった。
当初、水面下の財務省と経済産業省の協議で、まず1兆円を計上し、実績を踏まえてその後毎年予算を追加していき、最終的に総額2兆円に広げることで大筋合意していた。にもかかわらず、菅首相の鶴の一声で、いきなり2兆円の基金でスタートしたという。
23年度補正予算の「目玉」として岸田政権が重視する半導体支援でも、海外メーカー誘致、国内メーカー育成など複数の関連基金への積み増しの協議の過程で、経産省が政権の意向を背に前年度の補正予算（1.3兆円）の2.6倍にあたる3.4兆円を要求し、結局、2兆円の積み増しで決着した。