NISA（少額投資非課税制度）口座などを除けば、株式投資で利益を得ると、税金を納めなければならない。
株式投資にかかる税金は、株を安く買って高く売ったときにかかる「譲渡益課税」と、配当金を受け取ったときの「配当課税」がある。
このうち、確定申告が必要な「譲渡益課税」の税率は、所得税15.315%（特別復興税を含む）と5％の住民税（ただし、海外居住者が日本株を取引する場合、住民税は不要）を合わせた20.315%。特定口座の場合は譲渡差益も源泉徴収の対象で、確定申告は不要となる。
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もうすぐ、確定申告がはじまります。
投資にかかる税金は所得税よりも優遇されている
株式の取引で得た利益にかかる税金は「申告分離課税」という方式を採用していて、通常の所得に適用される総合課税（最大55.945%）よりも優遇されている。
日本をはじめとする多くの国や地域が、株式などの金融取引で得た利益（キャピタル・ゲイン）にかかる税金を、通常の所得にかかる税金よりも優遇している。
より多くの国民が投資を行うことを奨励して国を発展させるため、と推察できる。
この申告分離課税は、株式以外では外国為替証拠金（FX）取引などにも適用される。ただし、この申告分離課税が適用されるためには、一定の条件を満たす必要がある。
まず、国内の証券会社で取引されていること。海外（オフショア）で開設したFX口座で得た利益については20.315%の税率は適用されず、最大55.945%の課税率が適用される。
一部の仮想通貨（ビットコインなど）で得た利益は、金融庁から金融商品として指定されていないため、同じように総合課税の対象となる。また、法人名義の口座で取引する場合は、異なる税率が適用される。
国内の証券会社で株式やFXを取引する際にかかる税率「20.315%」は、決して高くない課税率だ。
しかし、海外証券口座を利用する必要がある場合や、金融庁から金融商品に指定されていない商品を取引する場合、あるいは法人名義で取引したい場合は、この税率は適用されない。とくに、総合課税される場合の最大55.945%という税率（国税45% + 住民税10% + 復興特別税0.945%）は、毎年多くの稼ぎがある投資家にとっては非常に大きな負担となる。