「こだま」などの自由席のある新幹線が混雑することへの懸念も
のぞみの全席指定化に反対する理由については、「思い立った時すぐに乗れないから」が64％、「料金が割高になるから」が16％、「その他」が20％だった。料金よりも、すぐに乗車できるかどうかを重視している人が多い結果となった。こんな意見も寄せられた。
「新幹線利用者は、時間余裕ある人ばかりではない。仕事での緊急対応（鉄道トラブルも同様、至急復旧要す場合）、親族、身内の事故や緊急介護や危篤の場合、すぐに乗車する必要あり。空席新幹線に予約時間合わせられる人ばかりではない。特に繁忙期は、影響大」
なお、公式サイトによると、指定席特急券がなくても、新幹線定期券や自由席特急券を購入し、普通車のデッキ等に立席で乗車することは可能だ。
「のぞみ」から「こだま」「ひかり」と自由席のある新幹線に人が流れ、そちらが混雑することを心配する声もあった。
「のぞみの自由席が無くなり次善の策でひかり号に流れてくる。ただでさえ1～2時間に1本しか停まらないひかり号が満杯でやって来る事になる。途中駅の人はさらに乗れなくなる」
「のぞみ全車指定席化はより混雑悪化を引き起こしより遅延が増すと予測します」
「こだま」などの混雑状況について、枝久保氏は26日、取材に、ピークの29日午前中は「自由席がかなり混雑する可能性が高い」と見解を示した。
「直近の予約状況を見ると、ピークの29日はひかりも概ね満席です。ということは午前中の便は自由席がかなり混雑する可能性が高いでしょう。ただピーク（29日・30日）のピーク（午前中）こそ満席ですが、少し時間をずらすと空席がある列車もあり、指定席需要は概ね吸収できているようです」
その上で、次のように懸念点を挙げた。
「問題は全席指定席化を知らない利用者がどれくらいいるのか。全席指定席化はCMなど打って告知はしていますが、メディアの多様化で届いていない層も多そうなので、初めての試みとなる今回は、やはり混乱はありそうです」