学会が急成長する過程で軋轢も
学会が急成長する過程では様々な軋轢も生んだ。初期の「折伏」では強引さが社会的批判を浴び、公明党の選挙をめぐっては学会員の組織的選挙違反が摘発されたことも。70年には、学会と公明党に対する批判本に対して、出版・流通を妨害したとされる「言論出版妨害事件」が起きて、のちの政教分離につながった。
組織内では、学会元幹部や公明党の元委員長らの側近が何人も離反。宗門との対立など不協和音がしばしば報じられた。
しかし、学会の基盤は大きくは揺るがず、2002年、学会は会則を改正。「初代会長牧口常三郎先生、第二代会長戸田城聖先生、第三代会長池田大作先生の『三代会長』は...永遠の師匠」と明文化され、名実ともに特別の存在となっていた。