テレビ朝日は2023年11月12日、故ジャニー喜多川氏の性加害問題を受け、特別番組「テレビ朝日 旧ジャニーズ問題検証」を放送した。しかし、以前から指摘されていた同局の音楽番組「ミュージックステーション（Mステ）」と旧ジャニーズ事務所の関係について検証番組内で言及されなかったため、批判的な声がSNSで上がった。
広報部に11月13日、Mステに言及しなかった理由を尋ねると、「音楽番組も含めたバラエティ番組全体の検証を行い、番組で放送しました。また、旧ジャニーズ事務所との向き合いについても、番組でお伝えした通りです」などと、J-CASTニュースに答えた。
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テレビ朝日公式サイトより
「皆様のご期待に応えられるよう番組制作に努めてまいりたい」
12日の番組では、旧ジャニーズ事務所の外部専門家による再発防止特別チームが公表した調査報告書で、性加害が拡大した背景の1つに「マスメディアの沈黙」があったことを紹介。この問題の経緯を説明し、局員などへのヒアリング結果を放送した。
「元ニュース番組デスク」「ドラマ制作プロデューサー」「元バラエティー番組プロデューサー」などによる性加害問題へのコメントは番組内で紹介されたが、具体的な番組に対する検証はなかった。
旧ジャニーズ事務所以外に所属するアイドルグループの出演がほとんどなかった問題などを指摘されるMステに関する言及がなかったことについて、SNSでは「Mステに触れない時点で話にならない」「Mステの出演者についての検証は？」などと批判の声が上がった。
この問題は9月7日のジャニーズ会見でも俎上にのっていた。ジャーナリストの松谷創一郎氏が質疑応答で「テレビ局が共犯と言えるのはまさにこの点にある」と追及している。松谷氏は放送後に、「『Mステ』忖度」などの主要論点が未検証だったとX（ツイッター）に投稿し、「全局でいちばんぬるかった」と非難した。
なぜMステに言及しなかったのか。批判の声を踏まえて対応する予定はあるか。広報部は13日、以下のように取材に回答した。
「音楽番組も含めたバラエティ番組全体の検証を行い、番組で放送しました。また、旧ジャニーズ事務所との向き合いについても、番組でお伝えした通りです。当社としては、今回の検証を受けて、視聴者の皆様のご期待に応えられるよう番組制作に努めてまいりたいと考えています」