共同通信社「通常の編集作業の一環です」
新聞記事データベース「日経テレコン」で、全国紙5紙と通信社2社（共同、時事）を対象に、見出しに「反政府運動」を含む記事を過去10年分調べると、22件見つかる。いずれも
「タイで１万人集会＝反政府運動、さらに拡大」（時事通信）
「マケドニア、反政府運動激化 ＥＵの対話仲介、ロシアが牽制」（朝日新聞）
「トルコ：与党、地方選勝利 首相、反政府運動に強硬姿勢」（毎日新聞）
「シリア武力衝突、終結の兆しなく 反政府運動２年」（日本経済新聞）
「反政府運動の指導者が帰国 バーレーン」（朝日新聞）
などと国外関連で、国内報道は見当たらない。
記事はその後削除され、別のURLで「官邸、『反政府先導』懸念し拒否－学術会議、過去の言動を問題視か」と題した同様の記事が配信された。「反政府運動」は「反政府先導」に代わっている。訂正した旨は示していない。
共同通信社総務局は9日、J-CASTニュースの取材に、記事を削除した理由を「記事の差し替えなどは適宜行っていて、通常の編集作業の一環です」と、削除ではなく差し替えだったと答えた。
批判については、「コメントする考えはございません」とした。