舛添氏「権力を行使した私が言うのである」
一方で、会議の存在自体に疑問を投げかけたのが、元東京都知事で国際政治学者の舛添氏だ。2日に自身のツイッターで、
「私はこの組織は不要という立場だ。首相が所管するような組織は学問には相応しくないからだ。廃止しないのなら、今回のような措置は、たとえば政治学という私が東大で教えていた学問（例：自民党研究）を不可能にする。その後、政治家になり、権力を行使した私が言うのである」
と会議の「廃止」を主張した。
また、会議廃止を主張する理由について「東大助教授のとき、この組織が自分の研究に役立ったことはないからだ」と加えて説明。会議に対し「首相が所轄する長老支配の苔むした組織など、新進気鋭の若い学者には無用の長物。首相は優秀な学者に個別に意見を聞けばよいし、政治的発言は各学者が個別に行えばよい」と主張し、「税金の無駄遣いだ」と批判した。