日韓の軍事情報包括保護協定（GSOMIA）失効が直前に回避され、「最悪の事態は回避された」（毎日新聞社説）のも束の間、早くも「韓日政府、再び衝突」（韓国KBS）といった報道が出る事態となっている。
日本側が行っている輸出管理問題も絡み、韓国高官が「（日本の）経済産業省が合意内容を意図的に歪曲」して発表したと反発、日本側に抗議し謝罪があったと主張したが、菅義偉官房長官は「謝罪した事実はない」と反論。さらに韓国側が再反論を行っている。
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韓国・文在寅政権の今後の動きに注目が集まる（写真は青瓦台の動画から）
韓国高官「（日本側が）合意内容を意図的に歪曲」
韓国政府がGSOMIA終了延期を発表した2019年11月22日夕、日本の経産省も輸出管理をめぐり、「GSOMIAとは一切関係ない」と強調したうえで、韓国側との準備会合を経たのち、局長級の対話を行うと発表した。
しかし、それからわずか3日後の25日には、KBS（ウェブ日本語版）が
「韓日政府、再び衝突 『GSOMIA後続交渉』難航が予想」
との見出しで、終了延期発表後に早速浮き彫りとなった日韓政府の対立を報じた。
対立が表面化したのは24日。韓国大統領府（青瓦台）の鄭義溶（チョン・ウィヨン）国家安保室長らが会見し、経産省の22日発表内容（韓国が輸出管理問題を改善する意欲を示した、など）の一部について、「合意内容を意図的に歪曲、または膨らませて発表した」（中央日報、25日ウェブ日本語版）と批判。外交ルートで日本側に抗議し、謝罪があったと主張した。
これに対し、24日夜には経産省の公式ツイッターが
「（発表した）方針の骨子は、韓国政府と事前にすり合わせたものです」
と反論。24日夜配信の読売記事でも、「（日本側から謝罪があったとする主張について）日本の外務省幹部は取材に対し、『そのような事実はない』と否定した」と報じていた。
さらに翌25日には、菅官房長官が会見で、「謝罪した事実はない」と反論。梶山弘志経産相も記者団に「謝罪した事実はない」と説明した。
一方韓国側は、25日の中央日報（ウェブ日本語版）によると、青瓦台の尹道漢（ユン・ドハン）国民疎通首席秘書官が、読売新聞（24日）が掲載した日本の外務省幹部による謝罪否定コメントに関して、「記者らに送ったメッセージ」を通じて、
「もう一度明確にするが、我々は日本に抗議し、日本側は謝罪をした」
と、日本側による「謝罪否定」コメントを否定した。