本人も菅長官に「ご自分の目で確認し...」
官邸は「赤土が広がっています」「琉球セメントは県の調査を拒否」「沖縄防衛局は実態を把握できていない」という望月記者の発言について、それぞれ（1）現場では埋立区域外の水域への汚濁防止措置を講じた上で工事を行っている（2）琉球セメントは沖縄県による立ち入り検査を受けている（3）沖縄防衛局は埋立工事前に埋立材が仕様書どおりの材料であることを確認している、などと反論。これらを根拠に望月記者が「事実誤認」だと主張しているが、異論も出ている。
国民民主党の山井和則国対委員長代行は2月6日、上村秀紀・官邸報道室長らに対するヒヤリングを行い、直後に記者団に対して埋め立て現場の写真をタブレット端末で示しながら
「これはどうみても赤土。これを事実誤認だと言われると、記者も質問しづらくなるのではないか」
と話した。望月記者はこの問題を2月7日午後の記者会見で取り上げた。自身が質問を始めると、すぐに司会者から「質問は簡潔にお願いします」「質問に移ってください」といった声が飛ぶという「質問妨害」にも言及しつつ、
「この文書は私や社への精神的圧力のみならず、知る権利を阻害する行為ではないのか」
「政府が事実誤認と言うのであれば、菅長官や長谷川氏（編注：長谷川栄一内閣広報官）自身が現場に行き、赤土が混じっているかご自分の目で確認し、（沖縄）防衛局に『数年前のものではなく、投入中の土砂の性状検査の結果をすぐに県に出せ』と指示すべきではないのか」
などと主張。西村康稔官房副長官は
「いずれにしても建設的なやり取りができればと思いますし、できる限り政府としては、色々な質問にお答えしていく」
と応じた。
副長官が代理出席した場合を含むと、19年1月に34回行われた官房長官記者会見のうち、望月氏は11回で質問。質問数は関連質問を含めると21問におよび、そのうち13問が辺野古移設に関連するものだ。