「適切かつ有効」の判断基準は
漁業権については、今の漁業者らが「適切かつ有効」に漁場を使っている場合は権利が維持されるが、「有効」をどう解釈するのかなど、漁業者から懸念の声が上がる。衆院での審議でも、具体的な判断基準を問われた吉川農相は「個々に都道府県が判断する」とあいまいな答弁に終始した。「養殖漁業への企業参入が広がり、地元漁業者が狭い漁場に追い込まれる」（野党議員）との批判もある。
漁獲枠をめぐっても、現在実施されているクロマグロでは「沿岸漁師が割を食い、その声が反映されていない」（野党議員）との批判がある。また、船に漁獲枠がついていることから、資金力のある企業などに漁獲枠が集約され、寡占化する可能性も指摘される。
漁業調整委員会の任命制についても、特に漁業権の改革と絡んで、沿岸漁業者の意見が反映しにくくなる恐れが指摘される。
さらに、改正法成立後に具体的な運用を決める部分も多く、野党は「具体的制度設計を政府に丸投げする入管法改正案と同じ」と批判する。