安倍首相と菅官房長官は3月6日に報告受けていた
菅義偉官房長官が3月15日の記者会見で明らかにしたところによると、国交省は改ざん前とみられる文書を持っていることを3月5日の時点で官邸に報告していた。官邸側で報告を受けたのは杉田和博副長官で、杉田氏は
「国交省に対し、財務省の調査に対して全面的に協力するよう指示するとともに、合わせて財務省に対して調査を徹底的に行うように改めて指示した」（菅氏）
といい、安倍晋三首相と菅氏は翌3月6日に事態について報告を受けていた。政府・与党の相当数が事態を把握しながら3月12日まで改ざんを認めなかった可能性がある。
この点について菅氏は記者会見で、
「具体的に事実関係を確認できないわけだから、そうした動きがあるということだけ報告を受けた。国交省から先ほど申し上げた（編注：改ざん前の可能性がある）文書の存在を知らされた時点で、財務省によれば、最終的に検察当局の協力を得て文書の確認をできる段階には至っていなかった」
などと反論した。