学校法人「加計学園」（岡山県岡山市）が国家戦略特区制度を活用して申請していた獣医学部の新設計画について、林芳正文科相は、2017年11月14日の記者会見で「答申結果を尊重して認可することを判断した」と発表した。四国に獣医学部ができるのは初めて。
林氏は会見で、「大学設置学校法人審議会での審査とは別に、設置認可申請の内容が国家戦略特区のプロセスの中で認められた加計学園の構想に沿っていることも確認している」「適切に進められた。瑕疵はなかった」などと述べ、問題がないことを強調した。
加計学園を巡っては、理事長を務める加計孝太郎氏が安倍晋三首相の友人であることなどから、加計学園を優遇した「忖度」があると指摘されていた。17年1月まで文部科学事務次官だった前川喜平氏が「総理のご意向」などと記された文書が存在すると発言。8月には一時、判断を保留し、審議を継続するなどしていた。