安倍晋三首相は、2017年7月25日の参院予算委員会の閉会中審査で、民進党の蓮舫代表に対し、「加計学園と今治市で少し混同があったことはおわびしなくてはならない」と述べ、過去の答弁について陳謝した。
安倍首相は答弁で、「2年前（2015年）の11月に今治市が獣医学部新設を提案していることを知った」「1月20日に初めて加計学園の計画について承知した」と述べた。一方、蓮舫氏は、安倍首相が「6月16日の参院予算委員会で『構造改革特区で申請されたことも知っていた』」と述べていたことを指摘した。
これに対し安倍首相は「申請を今治市とともに決定する段階で、諮問会議の議長として加計学園の計画を承知した」とし、「加計学園と今治市で少し混同があったことはおわびしなくてはならない」と陳謝した。