2017年7月5日から九州北部で記録的な豪雨が続き予断を許さない中、6日昼に約40分間にわたり稲田朋美防衛相と若宮健嗣防衛副大臣、防衛政務官2人の政務三役全員が防衛省を離れていた。6日には福岡・大分両県に特別警報が出ていた。
菅義偉官房長官は6日午後の記者会見で、「大臣も含めて複数の政務三役はすぐ近くに所在して、秘書官から随時連絡を受けて速やかに省内に戻る体制にいた」として、「その対応に問題があったとは考えていない」との認識を示した。
一方、自民党の石破茂前地方創生担当相（元防衛相）は同日、記者団に対し
「防衛省としてあるまじき事」
と苦言を呈した。