山本氏「内閣府の担当者が事実関係を確認しないままメールを発信」
文科省による追加調査の結果発表を受け、内閣府でもこれらの文書・メールの存否と内容の真偽について改めて調査を実施し、山本幸三・地方創生担当相が16日午前の閣議後の会見でその結果を公表。萩生田氏から指示があった旨が書かれたメールが内閣府から文科省へ送信されていた事実は確認されたとする一方、「手書きの修正」について指示をしたのは山本氏自身であり、「私が『広域的に』と書いた」として萩生田氏の関与を否定した。メールを送信した職員については「担当者から伝え聞いた曖昧な内容であって、事実関係を確認しないまま発信したと認めている」と説明した。
また、萩生田氏も16日午前の参院内閣委員会で「修正の指示を出したことはない。メールの内容は戸惑いを感じる」と述べていた。
これら文科省と内閣府双方の調査結果を見ると、獣医学部の新設条件の修正を萩生田氏が指示したと明記されたメール自体は存在するものの、その内容の真偽が定かではない。
菅義偉官房長官は16日午前の記者会見で、「後付けで山本大臣が言ったことにしたように聞こえる。加計学園の議論がどうあったか、当時の資料など客観的な証拠を出すべきではないか」との質問に対し、「必要なら当然そうするだろうと思う。（内閣府の調査結果は）今日発表されたばかりなので、詳細は（内閣府の事務方から）説明があると聞いている」と述べるにとどめた。また、「萩生田氏や藤原審議官は実際にどのような指示を出したのか」との質問には「内閣府の調査の中で対応すること。少なくとも萩生田副長官についてはそういうことはないということだ」と答えている。