2017年6月15日は、朝に「共謀罪」の構成要件を厳しくした「テロ等準備罪」を新設する法案が成立したのに続いて、午後に文部科学省が加計学園をめぐる追加調査の結果が発表された。菅義偉官房長官が「怪文書のようなもの」と述べていた、「総理の意向」などと記された文書が実際に文科省内に存在していたことが明らかになった。
通常であれば、いずれも「1面トップ」級のニュースだが、6月16日朝刊の紙面（いずれも東京本社最終版）では各社とも2つのニュースを並列する形で報じざるを得なくなった。「共謀罪」では、法案に批判的な朝日新聞・毎日新聞と、法案に理解を示してきた読売新聞・産経新聞の論調の違いが改めて鮮明になった。「加計文書」をめぐっても、首相の意向と書かれた文書の存在の問題点を指摘する朝日・毎日に対して、産経が「文書存在と首相関与 別の話」との見出しを掲げた。
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2017年6月16日の新聞各紙は論調が大きく分かれた
朝日「民主主義の荒廃」
朝日新聞の1面トップは、文科省の発表結果から「『官房副長官が指示』メール」を見出しに取り、2番目の項目に「『共謀罪』法 成立 刑事司法の大転換点」の見出しで「共謀罪」を扱った。これに加えて、「民主主義の荒廃した姿」と題した長谷川玲・東京社会部長名の記事で、「説明を尽くして理解を求めようとする民主的な手続きの放棄」などと可決を非難。2～3面の総合面には、それぞれ
「官邸関与 深まる疑念」
「『共謀罪』疑問山積み」
の見出しで懸念を報じ、社説は「権力の病弊」をテーマに「『共謀罪』市民が監視を」「『加計』解明これからだ」の2本を掲載した。社会面では「沈黙しない」の見出しで「共謀罪」反対派の声を伝え、加計文書は「『怪文書』一転 あった」の見出しだった。
毎日新聞の1面は
「『加計』文書存在 文科相認め陳謝」「『共謀罪』法成立 採決強行 国会閉会へ」
の2本が目を引く。総合面でも
「安倍政権 また強引手法」「『総理ご意向』真実味」
と政権を追及し、社説は
「『共謀罪』法の成立 一層募った乱用への懸念」
「加計文書の再調査結果 『総理の意向』確認は重い」
の2本を掲載。社会面は「共謀罪」について「権力こそ監視対象」の見出しで1940年代の言論弾圧事件の事例を紹介。「加計文書」の見出しは「『ない』一転『あった』」と朝日と同様だった。