安倍晋三首相の友人が理事長を務める学校法人「加計（かけ）学園」が獣医学部を新設する計画について、「官邸の最高レベルが言っている」などと書かれた文書が共有されていたとされる問題で、文部科学省は2017年6月15日に会見を開き、追加調査の結果を公表した。
「官邸の最高レベルが言っている」「総理の意向」と書かれた文書の存在が確認されたという。ただ、こうした内容によって「行政のプロセスがねじ曲げられた」と前川喜平・前文科事務次官が説明していたことについて、松野博一文科相は「ねじ曲げられたとは考えていない」と述べた。
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民進党が公式サイトで公表していた文書
指摘された19の文書・メールのうち、14は存在確認
文科省は民進党などから指摘を受け、5月19日に文書の存在を調査したが「確認できなかった」と公表していた。だが、松野文科相は6月9日、「追加調査を行うべきという国民の声が多く寄せられており、安倍首相から徹底した調査を速やかに行うよう指示を受けた」のを理由に追加調査を実施すると発表していた。
追加調査は、民進党などが示していた19の文書・メールの存否を明らかにするため、調査対象を広げた。省内のフォルダーは、前回は専門教育課の国家戦略特区の共有フォルダーのみだったが、今回は同課の他の共有フォルダーに加え、高等教育企画課、私学行政課、行政改革推進室の、関係3課室の共有フォルダーと個人フォルダー、さらにメールボックスまで調査範囲を広げた。ヒアリング対象も、前回は担当幹部7人のみだったが、今回は民進党などが示していたメールの中で宛先となっていた関係3課室の19人も対象とした。
追加調査の結果、松野文科相は19の文書・メールのうち、14は同内容のものが存在しているのを確認したと発表。2つは存在が確認できず、あとの3つは「法人の利益に関わるものであり、慎重な対応が必要」であるのを理由に、存否が明らかにされなかった。
存在が確認された文書の中には「官邸の最高レベルが言っている」などと書かれたものもあった。だが、こうした文書が作成された経緯については、ヒアリングを受けた担当職員は「細部までは覚えていないが、記述がある以上、こうした趣旨の発言があったのだろう。ただ、その真意はわからない」と話していたという。また、上司や協議の相手先に内容を確認せずに記述したもので、個人的なメモ・備忘録として作成していたという。
文科相「私に報告や相談をされた事実はない」
一方、かねてから文書は「本物」と主張していた前川氏は5月25日の会見で、「公平・公正であるべき行政がねじ曲げられた」という趣旨の発言をしていた。この点、松野文科相は文書の存在が明らかになった今回も「行政の過程でねじ曲げられたとは考えていない」と、「圧力」を否定した。
「事実関係として、前川氏の在職中に国家戦略特区について私に報告や相談をされた事実はない。私に上がってくる報告の中で、『前次官からこういう指示を受けている』というような報告も受けたことはない」
加えて、「大学設置申請は原則自由だが、様々な事由によって抑制されている」という前提のもと次のように話した。
「文科省が獣医師大学を抑制してきたのは理由がある。それは獣医師の需給全体に関わる問題で、これは農水省の判断がある。この問題がしっかりと内閣府と農林水産省の間で一定の結論が合意できなければ、文科省として設置認可の申請受付問題を新たに解消できない。これは一貫した姿勢であり、伝え続けていること。おそらく内閣府や農水省に聞いても、文科省の主張は一貫してそうだったという答えが返ってくると思う」
追加調査の結果発表日について、松野文科相は当初「可能な限り速やかに発表する」とするのみで具体的な日付に言及していなかったが、この6月15日は、「共謀罪」の構成要件を改めて「テロ等準備罪」を新設する改正組織犯罪処罰法の採決を実施したのと同じ日。今国会の会期末が18日に迫る中、法務委員会の審議を打ち切って参院本会議採決に持ち込み、可決・成立させていた。
加計学園をめぐる文書については、山本幸三・地方創生相が15日、国家戦略特区を所管する内閣府でも追加調査を行う方針を示した。同日実施し、16日にも結果を発表する考えを表明している。