学校法人「加計学園」（岡山市）が国家戦略特区で獣医学部を新設する計画をめぐり、松野博一文部科学相は2017年6月9日の閣議後記者会見で、「総理の意向」などと記された文書の存在の有無について、一転して追加調査すると発表した。
菅義偉官房長官も同日夕、追加調査を支持する発言をした。
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菅義偉官房長官（2017年5月撮影）
調査方法、公表時期は未定
民進党が5月17日、国会で示した「総理の意向」などと記された8枚の文書をめぐり、文科省は共有フォルダーや担当職員7人への聞き取り調査を行い、19日に「文書の存在は確認できなかった」との調査結果を発表した。
しかしその後、前川喜平・前文科事務次官が文書の存在を主張。野党は国会などで再調査するよう求めていた。
松野文科相らはこれまで追加調査の必要性を否定してきたが、「国民から追加調査を求める意見が多く寄せられたため、総合的に判断した」と説明している。閣議後、追加調査の意向を安倍晋三首相に伝えたところ、「徹底した調査を速やかに実施するよう」指示があったと説明している。ただ、調査方法は未定だ。
追加調査は必要ないという立場だった菅官房長官も6月9日夕の定例会見で、文書の追加調査について、
「前回は民進党から提示された8枚のペーパーの調査を速やかに実施するということで、共有フォルダーや関係者へのヒアリング、その時点で出来ることをした。その後も、追加調査をするべきだという国民からの声が多く寄せられており、真摯に向き合い追加調査を実施することを決断した」
と述べた。そのうえで、問題を最もよく把握する文科相による「賢明な判断」だと評価した。
今後、具体的な調査概要を文科省が早急に検討するという。前回よりも調査対象を拡大して行うため、「再調査」ではなく「追加調査」だと説明。結果はまとまり次第発表するとしたが、具体的な期限については明らかにしなかった。