「構造改革特区」と「国家戦略特区」は「全く違う」
こういった政府の主張に、民進党は反発している。野田佳彦幹事長は5月29日の記者会見で、民主党政権下の「特区」は、ボトムアップで（地方から）上がってきたものについて、検討を加えていく「構造改革特区」だったのに対して、安倍政権下の13年12月から制度がスタートした「国家戦略特区」はトップダウン型だと説明。
「総理の意向とか、誰かへの忖度（そんたく）とか、トップダウン型（の安倍政権下の国家戦略特区）とボトムアップ型（民主党政権下の構造改革特区）とは全く違う。同じ前提であったかのように議論をすりかえるのはまさに国民に誤解を与える」
などと政府の主張を非難した。これに加えて、産経新聞によると、蓮舫代表は翌30日の「次の内閣」閣議で
「よくここまで見事な印象操作を作り上げると驚いた」
と述べ、野田氏と同様の主張を展開した。
自民党政権では「対応不可」だった対応方針を民主党政権が「実現に向け検討」に「格上げ」したとする政府側の主張について、現時点では野田幹事長は直接の反論を展開していない。半面、「構造改革特区」と「国家戦略特区」は性格が異なるという指摘については、菅氏は5月31日夕方時点で反論しておらず、議論はすれ違った状態だ。