菅義偉官房長官「怪文書みたいなものなの」
民進党の玉木雄一郎衆院議員は17年5月17日の衆院文科委員会で
「こうしたやり取りについて、全くないと言い切れるか」
などと事実確認を求め、松野博一文科相は
「国家戦略特区に関して、文科省内でも当然検討している。国家戦略特区対応に向けた文書は作成された可能性はある」
「確認させていただく」
と答弁。官邸はさらに強硬で、菅義偉官房長官は同日午前の会見で
「内閣府に確認したところ、昨年（16年）9月に（国家戦略特別区域会議の）今治市分科会が開催されたこともあり、関係省庁とその後の進め方について事務的な議論をしていることは事実だが、その中で『官邸の最高レベルが言っている』だとか『総理のご意向だと聞いている』、こうしたことを言ったことは全くなく、総理からも一切指示はない」
などと事実関係を否定した。
民進党は同日夕方「加計学園疑惑調査チーム」（共同座長：今井雅人衆院議員、桜井充参院議員）を立ち上げるなど、攻勢を強めている。こうした動きについて、菅氏は夕方の会見で
「（野党側の動きは）何を根拠になんでしょう？怪文書みたいなものなのではないか。出所も明確になっていない」
と一蹴した。