環境省は2016年11月21日、鳥取県、秋田県、鹿児島県で水鳥のふんなどから高病原性鳥インフルエンザウイルスが見つかったことを受け、警戒のための調査対応レベルを最高の「3」に引き上げた。
秋田県では15、17の両日、いずれも秋田市内の動物園で見つかったコクチョウ各1羽の死骸から、鹿児島県では14日に採取した出水市のツル保護区内の水から、鳥取県では15日に鳥取市内で採取したコガモのふんから、高病原性のH5N6亜型ウイルスが検出された。
環境省は、45日以内に国内の複数か所で感染が確認された場合のマニュアルにのっとって周辺環境の監視を強化し、現地に調査チームを派遣するなど対策を進める。