元々の中央線の混雑や荷物がドアに挟まるトラブルも影響
JR東日本では、遅れはイノシシだけが原因ではなく、阿佐ヶ谷駅で乗客の荷物がドアにはさまるトラブルや、元々の中央線の混雑など複合的な要因によるものだと説明している。青梅線で最大22分、中央線で最大57分の遅れが出たが、11時頃には、おおむね通常のダイヤに戻った。この間、青梅線と中央線の直通運転を一時取りやめたり、青梅線の電車を一部間引いたりする影響が出た。
今回の衝突との関連は不明だが、青梅線沿線では、1か月ほど前にもイノシシの目撃情報が報じられていた。今回の衝突が起こった場所よりも、はるかに人の往来が多い場所だ。東京新聞によると、10月1日早朝5時30分頃、福生駅（福生市）の東口広場前で「イノシシがいる」という通行人の110番通報が複数あった。イノシシの体長は1メートル程度で駅前から羽村市方向に逃げたという。