ワクチン供給不足で予防接種一時中止も
厚労省によると日本脳炎の予防接種は通常、3歳のとき2回と、その後1年の間隔を置いて4歳で1回の計3回を「1期接種」とする。さらに9歳のときに「2期接種」として1回打つ。
ただし2005～09年度の間、「日本脳炎の予防接種後に重い病気になった事例があったことをきっかけに」予防接種の案内がされなかった。このため厚労省では、特に2002～06年度生まれの子は、1期接種が終わっていない可能性があると注意を促している。
10月に入っても全国的に気温が高く、蚊の活動はまだ収まっていないとみられる。ツイッターには、日本脳炎ワクチンを接種してきたとの投稿がある半面、ワクチン不足で予防接種を受けられなかったとのツイートもあった。
埼玉県戸田市立市民医療センターは2016年9月6日に「日本脳炎ワクチンの供給体制が不十分なため、予約受付を一時休止します。安定して供給されるようになりましたら、予約受付を再開します」とウェブサイト上で告知した。各地の複数のクリニックでも、日本脳炎ワクチンの供給不足から予防接種の予約を一時中止するとウェブサイトで知らせている。