三菱自動車の燃費不正問題をめぐって、国土交通省は2016年9月15日、問題発覚後に実施した同社への立ち入り検査の報告書を公表し、同社が再測定の際にも不正を行っていたことを明らかにした。同省は15日に同社の益子修会長兼社長を呼んで厳重注意し、再発防止策を追加報告するよう指示した。
三菱自は6月、燃費不正が4月に明らかとなった軽4車種とは別の9車種について、再測定を実施。「燃費とカタログ値との差は問題ない範囲だ」と主張した。しかし、国交省は8月30日、うち8車種で燃費がカタログ値を下回ったとする独自試験の結果を公表。9月2日に本社（東京都港区）と名古屋製作所（愛知県岡崎市）への立ち入り検査を実施した。その結果、良い燃費が出るデータを選ぶ、過去の測定結果を流用する、といった不正が確認された。
報告書の中で同省は「測定結果をかさあげしようとした意図が疑われ、常軌を逸する事態」と同社の姿勢を厳しく批判している。