民進党は2016年9月15日に臨時党大会を開き、蓮舫代表代行（48）を新代表に選んだ。蓮舫氏は1回目の投票で過半数を獲得する圧倒的な強さを見せたが、代表選開票2日前の9月13日には「二重国籍問題」で従来の説明を覆して台湾籍が残っていたことを認めたばかり。
党内からは代表選のやり直しを求める声が公然と上がり、蓮舫氏は投票直前のスピーチでも陳謝。前原誠司元外相（54）は、自らが代表辞任に追い込まれた06年の「偽メール事件」の教訓から、「しっかりと裏付けを取ること、見通しを甘く持たないこと」などを蓮舫氏に求めるなど、最後まで国籍問題が尾を引く代表選となった。
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代表選出後にあいさつする蓮舫氏 -
代表決定後に手をつなぐ代表選候補者と岡田克也前代表
第1回投票で代表の座を射止めたが...
代表選では、投票する立場によって「票の重み」が異なり、全849ポイントのうち国会 議員に294ポイント、地方議員に206ポイント、公認内定者に118ポイント、一般党員・ サポーターに231ポイントが割り振られている。投票結果は蓮舫氏503ポイント、前原氏230ポイント、玉木雄一郎国対副委員長（47）116ポイントだった。
内訳は、事前に郵便で投票した党員・サポーターが蓮舫氏167ポイント、前原氏52ポイント、玉木氏12ポイント、地方議員が蓮舫氏126ポイント、前原氏50ポイント、玉木氏30ポイントだった。
これに対して党大会で直接投票が行われた国会議員と公認内定者では、蓮舫氏210ポイント、前原氏128ポイント、玉木氏74ポイントだった。どの投票でも蓮舫氏は過半数を得ているものの、国会議員と公認内定者では、前原・玉木両氏の合計票数と拮抗し、メディアなどの事前予想に比べると、比較的苦戦だったことが分かる。