政府の文化審議会は2016年7月25日、18年の世界文化遺産登録を目指す候補として「長崎の教会群とキリスト教関連遺産」（長崎、熊本）を国連教育科学文化機関（ユネスコ）に改めて推薦することを決めた。
元々は16年夏の登録を目指して15年1月に日本政府が推薦書を提出していたが、ユネスコの諮問機関から「禁教の歴史の特殊性」に焦点を当てるように再検討を求められ、政府はいったん推薦書を取り下げていた。
「教会群」は、「大浦天主堂と関連施設」（長崎市）や「天草の崎津（さきつ）集落」（熊本県天草市）など両県の12資産で構成。諮問機関の指摘を踏まえ、禁教期との直接の関連が少ない2資産を除外して推薦することを決めた。