日本会議は「歴史的役割を終わった主張に固執」
文書では、安倍政権を強く支援しているとされる「日本会議」との関係について研究した書籍「日本会議の研究」（扶桑社）にも言及。日本会議に関与した「生長の家」出身者については「誠に慚愧に耐えない」とまで記している。
「元生長の家信者たちが、冷戦後の現代でも、冷戦時代に創始者によって説かれ、すでに歴史的役割を終わった主張に固執して、同書にあるような隠密的活動をおこなっていることに対し、誠に慚愧に耐えない思いを抱くものです」
こういった方針は団体としての「決定」で、文書は
「ここに会員・信徒への指針として周知を訴えるものです。合掌」
と結ばれている。
「日本会議の研究」については、日本会議が版元の扶桑社に対して「申し入れ書」を送ったことが明らかになっている。扶桑社には雑誌「正論」など保守論壇の一翼を担っているというイメージがあるだけに、「保守の『内ゲバ』」だという見方も出ていた。