内閣府は2016年5月23日、熊本地震による住宅や企業の設備、公共インフラに対する被害額が、同日時点で2兆4000億～4兆6000億円にのぼるとする試算を発表した。試算は熊本・大分県が対象で、内訳は熊本県が1兆8000億～3兆8000億円、大分県が5000億～8000億円。商業施設に直接の被害がなくても客足が遠のく、いわゆる「風評被害」は試算に含まれていない。
物価が異なるため単純な比較はできないが、11年の東日本大震災直後の被害試算額は16兆9000億円、1995年の阪神大震災は9兆9000億円、2004年の新潟中越地震は3兆円だった。