熊本県は2016年5月1日、同日開いた災害対策本部の会議で、4月末からの地震にともなう農林水産関係の被害額が1022億円に達したとする推計を示した。1999年の台風18号で生じた被害額（約800億円）を上回り、県内では過去最大。1995年の阪神大震災の被害額（約900億円）も上回った。
被害総額の75％は農業関係（約767億円）で、ため池の堤防や農業用排水路の損傷による被害額が約481億円と最も多かった。ナスやトマトが廃棄されたり、畜舎倒壊などで牛や豚、鶏が死亡したりするなど農畜産物への被害も出た。
水産業への被害は約19億円。熊本市や宇城（うき）市で漁港の護岸が破損するなどした。