政府は2016年4月26日午前の閣議で、特定秘密保護法の運用状況に関する報告書を決定した。15年末時点での指定件数は11機関の443件で、それらが記録された行政文書は前年より8万件以上多い27万2020件だった。新たに登録された特定秘密の多くが情報収集衛星に関するものだという。
菅義偉官房長官は同日午前の記者会見で、
「施行されてから1年以上が経過しているが、当初指摘されていたように、例えば報道が萎縮するだとか、あるいは情報を得ようとした市民や記者が罪に問われるとか、このような状況が生じているとは聞いておらず、法は適正に運用されていると考えている」
と述べた。