ヤマト運輸は2016年4月19日、16日から中止していた熊本県宛ての宅配便の集配を再開したと発表した。「クール宅急便」を含め、対応する。ただ、被害の大きい阿蘇市、阿蘇郡（高森町、産山村、小国町、西原村、南阿蘇村、南小国町）、上益城郡（益城町、嘉島町、御船町、甲佐町、山都町）への荷物は、避難所や同社営業所での受け取りとなる。また、道路状況が不完全なため、熊本県を含む九州の一部地域への配達はなお遅れが生じているという。
佐川急便と日本郵便も18日、熊本県益城町や阿蘇市などの地域を除き、同県宛ての宅配便の集配を再開している。