米軍普天間飛行場を抱える沖縄県宜野湾市の市長選（2016年1月17日告示、24日投開票）について、菅義偉官房長官は16年1月15日夕方の定例記者会見で、
「私自身、基地負担軽減担当大臣として、自民党が推薦している現職市長を全力で応援するのは、ある意味で当然」
と述べ、現職の佐喜真淳氏（51）＝無所属、自民、公明推薦＝を支援する考えを改めて強調した。
菅氏は
「住宅や学校が基地に隣接しており、防音住宅が1万戸あるというきわめて危険な状況がある。危険除去と（基地の）閉鎖を1日も早く行うことについては、沖縄県と共通の認識」
とも述べ、佐喜真氏がすでに進めている政策を後押しする考えを示した。
宜野湾市議選では、佐喜真氏と新人で元県幹部の志村恵一郎氏（63）＝無所属＝の一騎打ちになる見通し。志村氏は普天間飛行場の名護市辺野古沖への移転に反対を表明しており、翁長雄志・沖縄県知事らと足並みをそろえている。
自民党の谷垣禎一幹事長は1月15日朝の記者会見で
「場合によっては、普天間という飛行場が固定してしまうかもしれないという問題点を含んでいる。そのことは避けたい」
と述べ、佐喜真氏が敗れた場合は普天間飛行場の移設が困難になるとの見方を示していたが、菅氏は
「（影響は）まったくない」
と述べた。
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記者会見する菅義偉官房長官